El 21 de agosto de 1415 llegaba Juan I de Portugal a Ceuta. Se iniciaba así una etapa histórica de relevancia para la ciudad, pues suponía su incorporación temprana a la edad moderna. Los tres infantes del rey portugués –D. Henrique, D. Duarte y D. Fernando–, que acompañaban a su padre en la reconquista de la ciudad, fueron armados caballeros en la iglesia ceutí de Nuestra Señora del Valle y Pedro de Meneses fue nombrado primer Gobernador de Ceuta, ciudad que quedaría bajo su control al frente de 2.700 hombres. El 2 de septiembre de aquel año, la flota volvió a Portugal.
Merece la pena reseñar que la toma portuguesa de Ceuta ha de entenderse en el marco del esfuerzo total de la Reconquista, llevado a cabo por los diversos reinos hispánicos, y supone un antes y un después pues se inicia una etapa nueva que deja atrás el período de dominación musulmana de la ciudad desde principios del siglo VIII, siendo antes visigoda, vándala, romana, cartaginesa y fenicia.
La pronta reconquista de su territorio permitió a Juan I de Portugal continuar al otro lado del Estrecho dicho esfuerzo en un proceso en el que buscaba a partes iguales consolidar su dinastía y expandir su reino. La reconquista de Ceuta se produjo en el marco de una cruzada bendecida por la bula Rex Regnum del Papa Martín V, y en la empresa participaron un buen número de caballeros de otros reinos peninsulares, entre ellos un significativo número de vascos que actuó bajo el pabellón de Castilla. La conquista cristiana de Ceuta permitió, entre otras cosas, aislar a los reinos musulmanes de Málaga y de Granada. Juan I tomó Ceuta en nombre de toda la cristiandad, no solo del reino de Portugal, y la catedral de Ceuta, situada en la Plaza de África, fue consagrada en 1432.
Desde entonces, la historia ha ido escribiendo en la ciudad. La construcción del foso de Ceuta la inició en 1521 el portugués Juan III, reinando en España Carlos I, quien envió al rey luso varios ingenieros militares para contribuir a tan sólida y perfectamente conservada construcción militar. Es importante reseñar en relación con la presencia portuguesa en las regiones noroccidentales de África que en 1578 el rey Sebastián emprendió una campaña militar de conquista en la que tuvo lugar la batalla de Alcazarquivir, también conocida como De los tres reyes, donde su ejército fue derrotado y él resultó muerto. Al no dejar heredero, Felipe II aprovechó el debilitamiento portugués para invadir el reino vecino.
El cadáver del rey don Sebastián había pasado por Ceuta con dirección a Portugal el 10 de diciembre de 1578, dos años antes de que la ciudad pasara a pertenecer a España. Al unirse en 1580 y en este contexto las coronas de España y de Portugal en la persona del rey Felipe, el corregidor de Gibraltar pasó a tomar posesión de Ceuta en nombre de Felipe I de Portugal y II de Castilla. Desde ese momento, Ceuta abrió sus puertas a los españoles de la baja Andalucía, que se asentaron en la ciudad, que sería reforzada por tropas y armamento procedente también de Andalucía entre los siglos XVI y XVII.
Décadas después, cuando en 1640 ambas coronas volvieron a separarse, los nobles de Ceuta eligieron permanecer bajo la Corona de España. Decidieron no secundar la rebelión por la que el duque de Braganza se levantó contra Felipe IV y se autoproclamó rey de Portugal, y tomaron el palacio del gobernador, mientras que en otras ciudades de la región como Tánger y Mazagán se decidió en cambio el bando portugués.
Con la separación de ambas coronas, un español pasó de inmediato a ser gobernador de Ceuta y la españolidad de la ciudad sería quedó ratificada por el Tratado de Lisboa de 13 de febrero de 1668. En la actualidad, la bandera de Ceuta, conocida como De San Vicente, es la misma que luce Lisboa en su Ayuntamiento, y el escudo ceutí mantiene un gran parecido con el de Portugal.